In futuro, l'umanità è stata schiavizzata in una simulazione di realtà virtuale nota come Perfect. Questa simulazione è controllata da un'entità nota come Perfect1 e deve essere distrutta per spegnere il sistema. Sei Immercenary Number Five, ed è tuo compito farlo. Da un laboratorio segreto ti colleghi alla simulazione che ti manda in un luogo di Perfect noto come Garden. Ogni entità nel gioco ha un determinato rango che ne determina le capacità offensive e difensive. Inizi a 255, il rango più basso, e devi salire di rango per sconfiggere Perfect1, che detiene il rango numero 1. Per farlo, distruggi i Rithm più alti di rango, come sono chiamate le altre entità nel gioco. Per superare determinati ranghi, devono essere distrutti Rithms unici in alto nella gerarchia di Perfect. Diversi armamenti e potenziamenti possono essere raccolti e l'energia offensiva e difensiva può essere ricaricata presso le spire energetiche. Al centro del Garden c'è un luogo chiamato DOAsys, che funge da zona neutrale e centro di cura. Lì puoi parlare con altri Rithms e chiedere indizi su come combattere i Rithms speciali e dove trovare oggetti speciali. Queste sequenze di dialogo hanno la forma di clip in live action di attori in costumi elaborati che interpretano i Rithms. Quando il giocatore esce dalla simulazione o viene costretto ad uscirne con violenza, torna al laboratorio dove è possibile caricare e salvare una partita e accedere a statistiche dettagliate sui viaggi verso Perfect.