Super Wing Commander è un remake del primo Wing Commander con nuove grafiche e suoni. Come nel gioco originale, il giocatore prende il controllo di un giovane pilota sulla portaerei TCS Tiger's Claw per volare missioni nella guerra contro i Kilrathi. Il gioco include la campagna Vega dalla versione originale e la prima campagna aggiuntiva Secret Missions. Secret Missions 2 è stata sostituita da una nuova campagna in cui la Tiger's Claw deve trovare e distruggere la base in cui il Sivar dreadnought di Secret Missions 1 è stato sviluppato. L'aspetto del gioco originale è stato completamente ridisegnato, con navi e personaggi che hanno un aspetto completamente diverso dall'originale. Tutti i dialoghi sono ora espressi tramite voce digitalizzata.