Il gioco segue un trio di marines spaziali che hanno combattuto in una guerra interstellare: Casey (il personaggio controllato dal giocatore), Ari (Tia Carrere) e Zack (Christian Bocher). Il gioco si apre e la storia inizia proprio quando Casey è stato riportato in vita dai suoi compagni. Dopo essere stato coinvolto in un terribile incidente nello spazio, il corpo di Casey è irrimediabilmente danneggiato, e ora è solo un cervello innestato in un sistema di supporto vitale sulla loro nave. Il giocatore può interagire con il mondo tramite una piccola sonda volante telecomandata, lanciata dalla nave poco dopo l'inizio del gioco. In questa nuova forma, Casey possiede una capacità limitata di interagire con l'ambiente, il suo unico modo di comunicare è attraverso un'interfaccia sì/no ed emettendo impulsi di luce. Al risveglio, Casey scopre che la guerra è finita e che Ari e Zack sono diventati pirati a bordo della loro nave, l'Artemis, rubando rottami bellici dalla guerra per sopravvivere. Durante una missione di recupero, il trio si schianta e rimane intrappolato su un velivolo alieno derelitto, che è in rotta di collisione con la stella. Tocca a Casey aiutare i suoi compagni ed esplorare il mistero della nave Daedalus. Per salvare se stessi, il trio deve esplorare la gigantesca navicella aliena e risolvere un gran numero di enigmi mentali, come collegare fasci laser colorati con specchi, sbloccare una porta con forme rotanti, giocare una forma avanzata di connect-the-dots con un'interfaccia informatica e una sequenza di combattimento, affrontando alieni chiamati Krin. Gli enigmi sono mescolati a sequenze recitate da Carrere e Bocher, la cui interazione con il giocatore crea una dose di comicità leggera. Numerose scene alternative e clip sono state girate e incorporate nel gameplay. Le scene alternative appaiono a seconda delle scelte di gioco del giocatore. Durante l'esplorazione della nave aliena, Ari e Zack entrano in un Hub Centrale contenente sei porte a forma di esagono. Esplorano le aree della nave dietro ogni porta ma non trovano alcun controllo di navigazione. Tuttavia, Casey trova sei sfere viola (una in ciascuna delle sei aree dietro le sei porte). Le sfere fanno spegnere il fascio di luce blu e la fontana di luci bianche al centro dell'Hub Centrale, mentre appare un dispositivo a forma di tuta da sub con un cannone sulla sommità. Ari e Zack inseriscono le sfere in esso, Casey porta una parte della mano di un alieno dalla sala medica della nave (situata dietro una delle porte dell'Hub Centrale) e la posiziona sul dispositivo. Si attiva un ascensore che porta Ari, Zack e Casey su e fuori dall'Hub Centrale. La nave aliena si avvicina al Sole e la temperatura all'interno inizia a salire rapidamente. All'esterno, i Krin rimasti fuggono dalla nave, ma alcuni di loro vengono distrutti dal calore. L'ascensore porta Ari, Zack e Casey in una sala di controllo dove il dispositivo (in cui erano stati inseriti gli orb) scompare, rivelando un guscio a forma di pesce. Ari e Zack notano un alieno vivo e Casey va ad avvicinarsi per comunicare con lui. Vale la pena notare che sono stati girati tre finali: 1) La nave aliena raggiunge il Sole e l'Artemis brucia ed esplode nel calore. 2) L'alieno non risponde a Casey e Zack gli spara contro con la sua pistola laser. L'alieno spinge Zack da parte e attacca Ari. Ari uccide l'alieno e il guscio si schiude rivelando la Regina aliena. Ari la uccide e Casey cambia la rotta della nave, guidandola lontano dal Sole. Ari presume che Zack sia morto e piange sul suo corpo, dicendo a Casey che aveva torto nel dire che non esiste una situazione senza speranza. 3) L'alieno risponde a Casey e, man mano che la nave aliena raggiunge la stella, compare un campo di forza intorno all'Artemis e la protegge dal calore intenso. Il guscio a forma di pesce si rivela essere un uovo, che si schiude in una gigantesca Regina aliena rossa. L'alieno vivo, insieme ad Ari, Zack e Casey, si inchinano davanti a essa. In una voce narrante, Ari spiega che il campo di forza creato dalle creature che si chiamavano "Seddy" li aveva protetti, insieme alla nave, dal calore intenso. I Krin fuggirono o furono distrutti e la nuova Regina possedeva "memoria di razza" e la capacità di parlare e conoscere; lei aiutò le doti di traduzione di Casey, rispose a molte domande di Ari e Zack e riparò l'Artemis. Zack riceve una trasmissione dal Daedalus, augurando loro un viaggio sicuro e che i loro sentieri si incrociino di nuovo. Zack dice a Casey che aveva ragione nel dire che non esiste una situazione senza speranza e cerca di convincere Ari a unirsi a lui sul materasso nella sala della stazione. Ari non dice nulla, e Zack mormora, "O non," mentre l'Artemis si allontana verso lo spazio esterno.