Stryker's Run è un gioco d'azione a scorrimento laterale in 2D. Il gioco è ambientato durante una guerra futuristica. Il giocatore veste i panni del Comandante John Stryker delle Allied Nations, che ha ottenuto i piani di un attacco da parte dei Volgans. L'obiettivo del gioco è fuggire con i piani e raggiungere il quartier generale delle Allied Nations. Stryker è armato di una pistola laser e di granate. Può anche prendere il controllo di velivoli che possono essere usati finché dura il carburante. I Volgans hanno una vasta gamma di armi tra cui fucili, pistole, granate, mitragliatrici, mortai, mine, elicotteri da attacco, lanciatori di razzi e missili SAM. Oltre ai nemici, il gioco presenta soldati alleati che sparano ai nemici ma possono finire nel fuoco incrociato. Il gioco si svolge interamente su un unico livello in un paesaggio a scorrimento.