Prologue Gli eventi del gioco sono preceduti da un dramma audio di 30 minuti. Si stabilisce che l'Età delle Grandi Gilde sia nata quando gli umani tentarono di stabilire nuovamente il dominio sulla natura. Il mondo di "Loom" non è definito in relazione al nostro, ma molti sostengono che avvenga sulla Terra in un futuro molto remoto, poiché il gioco si svolge nell'anno 8021. Le persone si bandarono per formare stati-città di un comune mestiere "devoti al controllo assoluto della conoscenza, tenuti insieme da tradizioni severe di orgoglio e di paura." La umile gilda dei Weavers si stabilì come maestri del tessuto intrecciato, sebbene alla fine trascendessero i limiti della stoffa e cominciassero a tessere "schemi sottili di influenza nel tessuto stesso della realtà." Furono perseguitati per questi atti di "stregoneria" e acquistarono un'isola lontana dalla costa continentale, che chiamarono Loom, dopo la grande tela che era il simbolo della loro gilda. Lady Cygna Threadbare è introdotta come una madre in lutto che supplica gli Elders della Guild of Weavers di usare il potere del Loom per porre fine alla sofferenza dei Weavers. Il loro numero sta diminuendo e il loro seme è sterile. Gli Elders Atropos, Clothos e Lachesis, che prendono i nomi dalle tre Fate della mitologia greca, rimproverano Cygna, dicendole che non è loro compito giocare a dèi. Cygna, nonostante i loro avvertimenti, assume segretamente il controllo del Loom e pianta un filo grigio. Inavvertitamente trae fuori dall'Loom un neonato, scatenando l'ira degli Elders. Lei consegna il bambino a Dame Hetchel, la vecchia domestica, e accetta il suo destino. Gli Elders lanciano la bozza "Transcendence" su di lei, trasformandola in un cigno e bandendola dal pattern (il nome Cygna è la forma femminile di cigno in latino). Hetchel nomina il bambino Bobbin e se ne prende cura come se fosse suo. Bobbin cresce ostracizzato dal resto della Gilda. Gli Elders osservano che la presenza del suo filo grigio ha gettato nel caos il pattern, e il Loom prevede il disfacimento stesso del pattern. Per tali motivi, gli Elders lo vietano di imparare i modi della Guild fino al diciassettesimo compleanno di Bobbin ("fino al suo compimento della maggiore età diciassette anni dopo," come descritto nel dramma audio del gioco). Hetchel, però, sfida gli Elders e gli insegna segretamente alcune nozioni di base della tessitura. Qui inizia il gioco. Plot Nel giorno del suo compleanno, Bobbin viene convocato dagli Elders per determinare il suo destino. Arriva al Sanctuary in tempo per assistere agli Elders nel punire Hetchel con la bozza "Transcendence" per aver insegnato a Bobbin, ma Hetchel torna all'uovo di cigno, cosa che lascia perplessi e spaventa gli Elders. Mentre meditano su questa svolta, un cigno scende dal cielo e sfonda una finestra nel Sanctuary. Ella lancia la bozza "Transcendence" sugli Elders, nonché sul resto degli abitanti, trasformando tutti i Weavers ad eccezione di Bobbin in cigni che escono attraverso una fenditura nel cielo. Bobbin, rimasto da solo, trova la distaff di Elder Atropos e la usa per liberare Hetchel dal suo uovo. Hetchel, ora un cygnet, dice a Bobbin che il cigno che lo visita ogni anno per il suo compleanno è venuto a salvare i Weavers dalla Third Shadow che sta per coprire il mondo. Bobbin procede quindi a trovare la muta. Lungo il cammino incontra altre gilde e vive diverse avventure. Infine incontra un Cleric, Bishop Mandible, che è dopo la Scrying Sphere dei Glassmakers, le spade dei Blacksmiths e i prodotti dei Shepherds. Mandible rivendica la distaff del Weaver per governare il mondo con un esercito di non morti, adempiendo così le profezie. Applicando la bozza di "Opening" su un cimitero vicino, lacera il tessuto dell'universo e permette a un'entità chiamata "Chaos" di entrare. Chaos uccide Mandible e convoca un esercito di non morti per distruggere la Terra. Bobbin riconquista la distaff dal vescovo morto e, lungo la strada, ripara molti strappi nel pattern, aiutando anche molte delle sue precedenti conoscenze, ferite o uccise dall'esercito di Chaos. Infine affronta Chaos, che mira a prendere il controllo del grande Loom sulla sua isola natale. La battaglia termina con Chaos che uccide la sua matrigna usando la bozza di "Unmaking." Tuttavia, si suggerisce che sia ancora possibile salvare Hetchel, poiché "una piuma era ancora intatta." Bobbin quindi distrugge il grande Loom usando la stessa bozza. Viene raggiunto da sua madre e dagli altri Weavers e gli viene detto che metà del mondo sarà governata da Chaos mentre l'altra metà rimarrà ai Weavers, e che col tempo potrebbero acquisire abbastanza potere per sfidare Chaos di nuovo. Bobbin lancia la bozza "Transcendence" su se stesso, e con l'aiuto di sua madre e degli altri abitanti del villaggio nelle loro forme di cigno, prende il volo, portando l'eco lungo il mondo. I suoi amici osservano lo storm di cigni volare via; non è chiaro se Bobbin li abbia lasciati nel regno di Chaos o se li abbia salvati.