Il gioco è il seguito di R-Type, originariamente uscito come gioco da sala giochi nel 1987 e che ha influenzato profondamente i successivi sparatutto con i suoi colpi caricati, armamenti unici e nemici grotteschi. Hudson Soft portò i quattro livelli successivi dell'R-Type originale sulla PC Engine con il titolo R-Type II, ma l'edizione Hudson non è correlata al gioco descritto in questo articolo. Il giocatore controlla un'astronave chiamata R-9C (o R-9 Custom), che è una versione migliorata dell'astronave del gioco precedente; l'R-9. Il design dell'astronave è stato leggermente modificato, e il cannone a onde è stato dotato di capacità di mira guidata. Sono stati aggiunti due nuovi tipi di arma (Search Laser e Shotgun Laser), portando il numero totale di tipi di arma a cinque. È stata aggiunta anche una nuova bomba anti-unità di terra all'inventario dei missili. Anche se il numero di livelli è stato diminuito rispetto al prequel, il numero di nemici, la loro resistenza e la quantità di proiettili che sparano sono stati notevolmente aumentati. I movimenti dei nemici e il terreno sono stati resi più insidiosi, aumentando notevolmente la difficoltà del gioco. Lo stesso sistema di rinascita viene usato come nel prequel, dove il giocatore torna a un punto di controllo ogni volta che la propria astronave viene distrutta. Gli controlli sono sostanzialmente invariati rispetto a R-Type, dove il joystick a otto vie controlla i movimenti dell'astronave, e il pulsante di fuoco spara il fascio principale dell'arma. L'altro pulsante viene usato per attivare o disattivare Force; l'innovazione più insolita della serie. Premendo e tenendo premuto il pulsante di fuoco, la barra del fascio blu si riempie, e rilasciando il pulsante il fascio d'onda percorre una distanza determinata dalla lunghezza del tempo di pressione. Se il pulsante viene premuto finché la barra blu è completamente carica, compare una barra rossa e questa si riempie rapidamente. Il riempimento della barra rossa provoca che essa lampeggi blu e rosso, e rilasciando il pulsante in quel punto si spara un fascio ancora più potente. A differenza del fascio normale, che viaggia solo in linea retta, il nuovo fascio Shotgun Laser esplode in direzioni multiple dopo aver percorso una breve distanza. Questo colpo provoca danni pesanti se il giocatore riesce a mirare a un singolo nemico con esso. Tuttavia, tenendo premuto il pulsante dopo che la barra lampeggia, il fascio torna al fascio trasversale normale (la barra alterna lampeggio e ritorno allo stato normale mentre il pulsante resta premuto), quindi il giocatore deve rilasciare il pulsante al momento giusto per mirare con successo ai nemici. L'altro fascio recentemente introdotto, il Search Laser, è semi-guidato e può piegarsi a angoli fino a 45°.