Il giocatore prende il controllo di una ninja femminile di nome Nina (una sorella di Ninja, l’eroe defunto dell’originale Saboteur), che deve infiltrarsi nel complesso ad alta sicurezza di un dittatore per modificare la traiettoria di un missile balistico nucleare e poi fuggire. Il centro di comando nemico e il complesso di uffici sono in costruzione sulla cima di una montagna piena di tunnel sotterranei e caverne. Un edificio di armeria si trova in alto a sinistra della montagna, un silo missilistico è in alto a destra, mentre l’area centrale della cima è ancora in fase di sviluppo; c’è una sola via d’uscita dalla montagna, ovvero il lungo tunnel d’ingresso in basso a sinistra.