Bart vs. The Space Mutants è un platform game in cui il giocatore veste i panni di Bart Simpson (dallo show TV The Simpsons) e deve fermare i Space Mutants dall'invasione di Springfield. Su ciascun dei cinque livelli, Bart deve raccogliere (o liberarsi di) gli ingredienti che i Space Mutants intendono usare per costruire la loro macchina, come oggetti viola o palloncini. Dovrà inoltre raccogliere abbastanza 'prove' dell'esistenza degli alieni (monete marroni lasciate dietro quando vengono saltati addosso), affinché i suoi familiari lo aiutino quando incontra un boss (personaggi come Nelson e Sideshow Bob). Questo non sarà facile poiché i Space Mutants stanno usando corpi umani come travestimenti. Per scoprire chi sono i veri Space Mutants, Bart deve usare i suoi occhiali a raggi X.