Dual Destinies si svolge circa un anno dopo gli eventi di Apollo Justice: Ace Attorney. Il sistema legale è entrato in una fase buia, piena di accuse false e prove fabbricate. The Wright Anything Agency, gestita da Phoenix Wright, che riprende l'esame di abilitazione all'avvocatura per tornare a diventare un avvocato difensore dopo il gioco precedente, accoglie un avvocato di recente nomina di nome Athena Cykes, che si specializza in psicologia analitica, unendosi al suo altro giovane avvocato, Apollo Justice. Lavorando insieme, Apollo e Athena affrontano il caso di un consigliere comunale ucciso, fronteggiano Simon Blackquill, un feroce procuratore che è stato ordinato di presentarsi in tribunale nonostante stia attualmente scontando una condanna per omicidio (nel secondo caso del gioco). Successivamente, Athena difende la sua amica d'infanzia, Juniper Woods, dopo che è accusata dell'omicidio della sua insegnante in una scuola di legge, ricevendo aiuto dal procuratore Klavier Gavin (terzo caso).