Il giocatore assume la vista in prima persona del Gundam Pilot, il protagonista del gioco per la maggior parte dei dialoghi, mentre gli altri punti di vista sono quelli di una telecamera cinematografica. Il protagonista è senza nome, ma ricopre lo stesso ruolo principale di Amuro Ray e, come Amuro, si ipotizza sia un Newtype. Il giocatore trova il Gundam durante un attacco Zeon a Side 7, il cui pilota originale è stato ucciso da detriti caduti prima di salire a bordo. Egli entra nel Gundam e distrugge un Zaku prima di essere costretto ad abbandonare la colonia e dirigersi nello spazio. Dopo essere stato reclutato dal comandante Bright, al Gundam Pilot viene conferito un distintivo di grado e gli viene chiesto di continuare nel ruolo. Viene poi presentato a Ryu Jose (rinominato Duke Jose) e a Kai Shiden. Il giocatore deve quindi difendere la White Base dall'attacco di Char Aznable durante la discesa. Char non riesce a distruggere il Gundam, ma utilizza un'arma cannoni terrestre nota come "Thor Cannon" per danneggiare la White Base, costringendola a schiantarsi in Nord America. Char contatta quindi Garma Zabi e lo informa della situazione. La White Base atterra in una piramide fatiscente all'interno di una città desertica (presumibilmente l'Luxor Hotel di Las Vegas) vicino al Thor Cannon. Il giocatore effettua una sortita con il Gundam, il torso superiore montato sul corpo inferiore del Guntank, poiché le gambe del Gundam erano troppo danneggiate. Dopo aver pattugliato la città, il Gundam riceve un nuovo paio di gambe, consegnate alla White Base da una Gunperry. Il giocatore quindi viola le difese del complesso Zeon, distrugge un MS-07B Gouf e, insieme ad esso, anche il Thor Cannon. Le forze di Garma attaccano e il Gundam monta su un Gaw per tornare alla White Base. I missili della White Base danneggiano il Gaw di Garma quando attaccano da dietro. Char dichiara il suo tradimento a Garma, che cerca di sbattere il suo Gaw contro la White Base, ma viene ostacolato dal Gundam. Il Gundam Pilot ritorna sulla White Base ed è congratulato da Hayato e Bright quando Char improvvisamente attacca la White Base, danneggiando il Guntank e distruggendo il Guncannon. Il Gundam scaraventa Char fuori dalla nave usando la catapulta di lancio. Char afferra la spada a fascio del Gundam, ma si rende conto che essa funziona solo grazie all'alimentazione del Gundam prima che il protagonista danneggi il suo Zaku II e lo costringa a ritirarsi. Gihren Zabi tiene un discorso al funerale di Garma. La White Base si dirige verso Jaburo, ma Char ride all'inseguimento, convinto che la vittoria sia vicina.