In Arcana Heart 3, il caos sta scoppiando in Giappone. Voragini planari stanno apparendo in varie località del paese e si sospetta che l'Istituto Drexler, una figura della Grande Guerra di molti anni fa e creatore della Divine Celestial Weapon, sia coinvolto. Circola una voce secondo cui se si mettono le mani su una pietra celeste proveniente da una voragine, i propri desideri saranno esauditi. Il loro potere attira molte giovani donne a cercarle, sia per sigillarle sia nella speranza che le voci siano vere. Ognuno ha i propri motivi per la caccia, e non permetterà a nessuno di mettersi sulla loro strada, nemico...o amico.