In Contra, il giocatore controlla uno dei due commandos militari armati chiamati Bill "Mad Dog" Rizer e Lance "Scorpion" Bean, che vengono inviati in una missione per neutralizzare un gruppo terroristico chiamato Red Falcon Organization che sta pianificando di prendere il controllo della Terra. I dettagli dell'ambientazione del gioco variano tra i materiali supplementari: la versione giapponese ambienta il gioco nell'anno 2633 sull'arcipelago fittizio Galuga vicino alla Nuova Zelanda, mentre il manuale della versione americana NES situa il gioco nel presente su un'isola sudamericana non identificata. La trama americana cambia anche l'identità di "Red Falcon" dal nome di un'organizzazione terroristica al nome di un'entità aliena.