Un'organizzazione misteriosa e altamente tecnologica, chiamata "E.Y.E.", minaccia rapidamente di prendere il controllo dell'intera città e, dopo che Duke Oda è stato promosso alla fine del secondo livello, gli viene data un'armatura potenziata chiamata "Ice Combat Suit". Con questa tuta il giocatore può utilizzare armi nuove e più letali; "Super Shot", un fucile al plasma, razzi e un devastante attacco di fuoco se li trova. Il giocatore ha anche accesso a un jet pack con carburante limitato che si rifornisce nel tempo. Infine, questa armatura permetterà al giocatore di subire più danni prima di essere sconfitto. Sfortunatamente, poiché l'armatura lo rende più ingombrante, gli è più difficile schivare gli attacchi nemici. Il boss finale del gioco, il capo di E.Y.E., si rivela essere un robot dotato di intelligenza artificiale che sta cercando di replicare i propri ICE Combat Suits per prendere il controllo di Liberty.