Il gioco si svolge in una terra fittizia chiamata Soma, tre anni dopo che una massiccia guerra nota come la Grande Guerra Shinra aveva devastato la terra e aveva ucciso la maggior parte della flora. L'umanità è costretta a unire i propri sforzi per la sopravvivenza e la riforestazione. Usando una tecnologia di recente scoperta, un alchimista di nome Hiodoshi guidò un progetto chiamato Project Espgaluda, che riuniva giovani e li usava come soggetti di test sperimentali per ali corazzate artificiali. Furono allora chiamati Galuda, nome tratto dall'uccello mitico della leggenda. Ageha e Tateha erano due dei soggetti che riuscirono a fuggire durante il progetto. Alla fine di Espgaluda, furono riuniti con la loro madre e vissero pacificamente dopo essersi messi in clandestinità. Espgaluda II inizia quando vengono scoperti.