Giga Wing si svolge durante una guerra fittizia in un'ambientazione steampunk. Il gioco è basato sul fatto che i giocatori cercano di distruggere un medaglione che possiede un grande potere. Molti dei boss usano il medaglione come arma. Alla fine si scopre che un uomo malvagio che pilota una nave chiamata «Stranger» è la vera persona al comando del medaglione, ed è stato responsabile della guerra, nonché di altri conflitti nel passato, inclusa la Seconda Guerra Mondiale, e lo affronti tre volte come mini-boss e come ultimo boss. Sembra essere un amico di Stuck di trent'anni fa, quando lo affronti insieme a Stuck. Ci sono quattro personaggi differenti nel gioco: Sinnosuke, Ruby, Isha e Stuck; ognuno di essi ha una trama individuale. I giocatori possono anche utilizzare una modalità di gioco in squadra che prevede due personaggi contemporaneamente, creando una nuova trama. In ogni trama ci sono due finali. Nel finale cattivo, il personaggio scelto dal giocatore sacrificherà la propria vita in un attacco kamikaze che distrugge il medaglione. In modalità in squadra, di solito uno dei personaggi compie questa azione, ma a volte sopravvivono entrambi i personaggi. Nei finali positivi, sia in modalità in solitaria sia in modalità cooperativa, i personaggi non si sacrificano.