Nelle regioni più oscure dello spazio infinito, il male puro è in agguato... Le Dark Forces guidate dal dio della distruzione, Bacterian, si preparano a lanciare un massiccio assalto contro il pianeta Gradius. Possedendo un potere inarrestabile, le Dark Forces minacciano di trascinare l'Universo in una guerra totale e di provocare un'annichilazione completa. La loro forza d'invasione infrange le difese di Gradius, e i pianeti circostanti cadono presto come tessere del domino. Ora la stretta malvagia di Bacterian raggiunge il cuore della resistenza... proprio il pianeta Gradius. Per contrastare la minaccia incombente, le United Gradius World Forces raccolgono tutti i loro velivoli da combattimento. La metà di essi forma una rete difensiva, l'altra metà un'unità d'attacco. Ma sono in netta inferiorità numerica e le Dark Forces sfondano facilmente la loro sottile linea frontale. Nessun velivolo sopravvive al massacro... In un'ultima disperata mossa, le United Gradius World Forces inviano due InterDimensional VIC VIPER fighters, precedentemente ritenuti troppo pericolosi per missioni di combattimento: The Fighters decollano verso il cuore dell'oscurità per unirsi alla mischia che deciderà il destino dell'Universo.