Meno di un anno dagli eventi di Guilty Gear, sono emerse notizie su un nuovo comandante Gear recentemente scoperto. In mezzo alla preoccupazione per una seconda guerra, ne inizia un altro Holy Knights Tournament; chiunque catturi e uccida Dizzy riceverà 500.000 World Dollars. Ella viene sconfitta, ma la sua vita è risparmiata da Sol Badguy, poiché si dimostra innocua. Poco dopo, viene trovata da Ky Kiske, il capo della polizia delle Nazioni Unite ed ex capo della Sacred Order of Holy Knights. Lui la affida alle cure di Johnny e May, membri dei Jellyfish Air Pirates, che la accolgono come una di loro. Jam Kuradoberi, una cacciatrice di taglie e chef in difficoltà, si attribuisce il merito della sparizione di Dizzy in modo da poter riscuotere la ricompensa e finanziare il suo ristorante.