Basato sul terzo arco narrativo principale del manga, Stardust Crusaders, il gioco segue un adolescente giapponese di nome Jotaro Kujo, che ha sviluppato una capacità soprannaturale nota come una "Stand". Avvicinato da suo nonno, Joseph Joestar, Jotaro scopre che questo potere è il risultato dell'influenza del nemico giurato della famiglia Joestar, un vampiro di nome Dio. Poiché la vita di sua madre è in pericolo quando inizia a sviluppare una Stand che non riesce a controllare, Jotaro e Joseph intraprendono una missione per distruggere Dio in modo da poterla curare.