Un'intera settimana di guerra nucleare sulla Terra distrugge l'ambiente globale. I sopravvissuti della guerra raccolgono le loro forze e risorse nel tentativo di riportare la Terra com'era. Usando un supercomputer chiamato God System, i sopravvissuti danno inizio al primo passo per ricostruire la Terra facendo sì che God System crei macchine capaci di pulire e ricostruire gran parte di quanto è stato perduto dalla guerra. Tuttavia, senza preavviso, una misteriosa entità mutante nota come 'N' prende il controllo del God System; creando tre strane statue guardiane basate su figure della mitologia greca, N manipola le macchine e i programmi del God System per attaccare l'umanità. I sopravvissuti creano un essere umano artificiale chiamato Yukiwo – costruito per sfruttare una perfetta destrezza e forza – nonché un jet superpotenziato che gli permetta di pilotarlo per riconquistare la Terra da N.