La Guerra Civile FedCom avvolge Kentares IV dopo che William Dresari, nipote del celebre eroe della Clan War, Duca Eric Dresari, tradisce la famiglia, sferrando un attacco a sorpresa da parte delle forze Steiner sul palazzo reale Dresari. William si prende il trono per sé sotto lo stendardo della Lyran Alliance di Katherine "Katrina" Steiner-Davion e diventa responsabile dell'annientamento dei lealisti a Victor Steiner-Davion. Il tradimento lascia Eric Dresari e la maggior parte della famiglia reale morti. All'apprendere del colpo di stato, il figlio di Eric, Ian Dresari, torna a casa e si riunisce con suo zio, Sir Peter Dresari, sulla luna che orbita attorno a Kentares per lanciare una campagna di guerriglia per riconquistare Kentares IV dai lealisti Steiner. Ian combatte al fianco dei compagni MechWarriors della Resistenza Casey Nolan, Jen McQuarrie e Jules Gonzales, e del loro comandante Elise Rathburn in varie missioni. La Resistenza abbandona la sua base sulla luna e allestisce un accampamento per la prima volta nelle regioni artiche di Kentares. A un certo punto di questa campagna, lo zio di Ian, Peter, viene assassinato da Duncan Burke, un alto ufficiale delle forze di Katrina. Ian e il resto della Resistenza sono devastati dalla perdita dello zio e discutono se continuare o meno la lotta per la libertà di Kentares. Decidono di andare avanti e riescono a catturare una rete satellitare della Casa Steiner. Il gruppo ribelle si sposta sulle montagne. Dopo aver distrutto un DropShip Steiner inattivo, ma pesantemente sorvegliato, Ian e la resistenza si spostano nella penisola di Hadra, una remota regione desertica. Si diffondono voci riguardo a un campo di prigionieri abbandonato e la Resistenza si impegna per localizzarlo e liberarlo, al fine di reclutare ulteriore personale per la causa della Resistenza. Nel corso del cammino, Ian rimane scioccato nello scoprire che un membro della sua famiglia è sopravvissuto all'assedio di Steiner al palazzo Dresari: sua sorella Joanna. Dopo un breve ritrovo, Ian e Joanna sono separati di nuovo mentre la Resistenza pianifica di mobilitare le proprie forze per portare la lotta contro Steiner. Mentre si trovano a Hadra, Ian uccide James Kulin, incaricato di reprimere la popolazione civile di Kentares e che personalmente aveva dato gli ordini di eseguire Ian e la famiglia di Joanna. Fanno una breve deviazione per salvare una città costiera chiamata Vale, dopo che Steiner minacciò di bombardare la città per presunti legami con la Resistenza. Non solo la Resistenza salva la popolazione, ma Ian riesce a sconfiggere personalmente l'assassino di suo zio, Duncan Burke, in un acceso duello. Procedendo in ambienti urbani, i combattimenti si intensificano e le perdite della Resistenza crescono. Joanna informa Ian di un vecchio deposito di armamenti nascosto da qualche parte della città, pieno di equipaggiamento sufficiente a fornire quattro lance pesanti di Mechs, prezioso per l'assalto al palazzo Dresari, ora quartier generale dell'occupazione Steiner. Prima che la ricerca del deposito possa essere condotta, però, Joanna e la sua lancia vengono prese in un'imboscata dalle forze Steiner, lasciandola gravemente ferita e in pericolo mortale. Ian deve fare una scelta: salvare sua sorella dalla morte certa o mettere in sicurezza il deposito di armi per un assalto al palazzo Dresari. Qualunque sia la scelta del giocatore, Ian e la Resistenza combattono un'ultima battaglia contro la Casa Steiner, ponendo finalmente fine alla guerra. Tuttavia, la lotta non è ancora finita per Ian, poiché William appare a bordo di un Daishi modificato, sfidando Ian a un duello. Ian sconfigge William e finalmente libera il pianeta dall'oppressione della Casa Steiner. A seconda della scelta che il giocatore farà durante la penultima missione, Joanna o Ian saliranno al trono rispettivamente come Duchessa o Duca.