È un disastro: il laboratorio del Dottor Light è stato attaccato dal Dottor Wily e sono stati rubati alcuni pezzi fondamentali per i robot. E, se non bastasse già, ha preso Roll come ostaggio! Mega Man e Proto Man vanno a fermare Wily e si imbattono in Duo, il grande robot alieno, disposto ad aiutare. E Bass, ancora arrabbiato dal fatto che Wily abbia risvegliato altri Robot Masters, di nuovo si allea con il lato buono per sconfiggere i nemici...