Generale Donald Morden, l'antagonista del primo gioco, è tornato ancora una volta con il suo esercito, deciso a conquistare il mondo. Spetta alla Peregrine Falcon squad, ora affiancata da due nuovi personaggi: Eri Kasamoto e Fiolina Germi della Sparrows Intelligence Unit, salvare la giornata. Man mano che i livelli si sviluppano, si scopre che Morden si è alleato con i Marziani per facilitare i suoi piani. Alla fine le cose cambiano quando Morden è attaccato e viene tradito dai suoi alleati marziani. Un'alleanza ad hoc viene formata tra la Peregrine Falcon squad e l'esercito del Generale Morden per contrastare la minaccia aliena maggiore.