Questo gioco ha una storia che viene raccontata solo nella versione giapponese. Ecco un estratto, tradotto dal giapponese: AiAi, MeeMee e Baby sono una buona famiglia e vivono pacificamente su Jungle Island. Un giorno, dalle isole lontane, GonGon, leader dei Gorillas, lanciò un raid sull'isola. Intendono accaparrarsi tutte le banane per sé! AiAi scappò dal luogo, si stancò e si addormentò. Nei suoi sogni gli fu detto che nel cielo esiste un paradiso chiamato "Banana Island" proveniente dal "Grand Monkey". Ma per andarci, devi superare un paio di trabocchetti e trucchi. Ma il Grand Monkey insegnò ad AiAi un incantesimo magico: "Ei Ei Poo!" Che lo protegge da ogni pericolo. AiAi si sveglia in fretta, e mentre dice "Ei Ei Poo!", una grande palla esce dal cielo; entra al suo interno e vola in alto nel cielo. Ora, supera diverse trabocchetti e trucchi e punta a Banana Island! Quando il giocatore completa i Master Stages (in cui l'ambientazione è sopra Banana Island), se si gioca come AiAi, MeeMee o Baby, sarà possibile andare a Banana Island e gustare tutte le banane che offre. Tuttavia, se si gioca come GonGon, verrà escluso dal luogo in cui sono conservate le banane, mentre le altre scimmie potranno gustarle all'interno.