È passato un anno dagli eventi di Rival Schools: United By Fate e le cose sono tornate alla normalità nella città di Aoharu. Batsu Ichimonji, Hinata Wakaba, Kyosuke Kagami e il resto dei lottatori avevano ripreso la loro vita scolastica normale e tutti avevano goduto di una serena tranquillità che era seguita alla loro ultima avventura, ma quella pace non dura a lungo e i combattenti si ritroveranno presto coinvolti in una nuova lotta. Kurow Kirishima: un ninja freddo di cuore e spietato, proveniente da un misterioso gruppo noto soltanto come la "Reverse Society", ha messo nel mirino la famiglia Imawano e intende eliminarla insieme ai suoi alleati per preparare l'avanzamento della sua ambizione di governare il Giappone. A tal fine, attacca Raizo Imawano: il preside della Justice High e padre di Batsu, affinché possa facilmente metterlo fuori uso e non avere interferenze da parte sua. In secondo luogo, invia sia sua sorella maggiore Yurika Kirishima sia la sua fedele subordinata Momo Karuizawa tra le fila dei combattenti, in modo che i due possano creare tensione e sfiducia tra gli amici. Il suo terzo piano prevede di lavare il cervello al capo della gang Gedo, Daigo Kazama, affinché possa ordinarlo di costringere la sua gang ad attaccare diverse scuole, al fine di provocare ancora maggiore tensione. Infine, Kurow stesso progetta di distruggere la reputazione di Batsu travestendosi da sosia di Batsu (chiamato Vatsu), in modo da poter attaccare i combattenti e far credere loro che sia stato Batsu a orchestrarlo. Batsu e i suoi amici devono contrastare il malvagio piano di Kurow e cercare di non lasciare che la loro amicizia venga distrutta dalla cospirazione di un assassino ninja.