Sebbene in parte sia canonica, la trama devia dalla linea narrativa originale: l'umanità si trova in uno stato di pace economica e tecnologica tra il costante conflitto contro Bydo Empire. Un progetto spaziale chiamato Project Paradise, che era stato tenuto in sospeso per molto tempo, stava finalmente vedendo la luce. Il progetto prevedeva la costruzione di un pianeta terrestre artificiale chiamato Eden come possibile rifugio umano. Tuttavia, dopo la costruzione e il funzionamento del pianeta, Major - il bio-computer system responsabile della gestione di Eden - va in malfunzionamento, prende il controllo delle difese del pianeta e attacca l'umanità. Ora tocca alle recentemente sviluppate varianti R-9, i Leo, entrare in azione e fermare l'assalto di Major sui suoi creatori.