Rafflesia è uno sparatutto a scorrimento verticale con visuale dall'alto, in cui lo schermo si muove costantemente mentre voli verso l'alto con il tuo spacecraft. L'obiettivo è distruggere o evitare i vari alieni che si muovono sullo schermo per infine affrontare il boss finale Rafflesia. Mentre spari ed eviti, sei equipaggiato con due armi: entrambe sparano in avanti, ma la seconda è più potente e, quando viene usata, diminuisce la tua energia. Scendendo costantemente dallo schermo sono presenti lacrime di Rafflesia che, quando raccolte, aumentano la tua energia. Se vieni colpito da un alieno o dalla sua arma, perdi una delle tre vite. Due giocatori possono giocare alternandosi, con ogni giocatore che prende il controllo quando l'altro viene eliminato.