La trama di Raiden Fighters non è immediatamente evidente di per sé. Il prologo d'apertura di Raiden Fighters 2 allude a una trama del suo predecessore, che il seguito segue. La squadriglia dei protagonisti deve sedare una massiccia rivolta di guerriglia guidata da un dittatore spietato. L'ambientazione di questo conflitto sembra svolgersi nell'Asia orientale, poiché i briefing per ogni "Missione" includono un piano di guerra sovrapposto a una mappa che ritrae la Cina e il Giappone.