Ambientato nel lontano futuro, il popolo della Terra inizia la sua ricerca di nuovi pianeti da colonizzare, in particolare quelli simili a essa. Le navi-colonia, note come Caravans, viaggiano nello spazio profondo finché Caravan 7861 scopre un quarto pianeta adatto attorno a una stella aliena, ma nessun altro Caravans li aveva seguiti. Dopo 93 anni di civiltà sul nuovo Mother Planet, l'indagine sui Caravans scomparsi porta finalmente a una scoperta orribile: i precedenti Caravans erano stati attaccati e conquistati da un potente regime di alieni-umani. Comandata dal misterioso Shienryu, la flotta spaziale aliena invade il Mother Planet e costruisce fortezze in tutto il mondo, distruggendo e sostituendo qualsiasi influenza umana stabilita. In risposta, viene fondata una squadra di difesa chiamata "Burn Dragoon" che convoca i migliori piloti e navigatori per difendere il nuovo pianeta dal regime invasore.