Un giorno il regno delle Mushroom People pacifiche fu invaso dai Koopa, una tribù di tartarughe famose per la loro magia nera. Le Mushroom People tranquille e pacifiche furono trasformate in semplici pietre, mattoni e persino in piante di crine di cavallo dei campi, e il Mushroom Kingdom cadde in rovina. L'unico che può spezzare l'incantesimo sui Mushroom People e riportarli al loro stato normale è la Princess Toadstool, la figlia del Mushroom King. Sfortunatamente, è attualmente nelle mani di Bowser, il Re dei Koopa. Mario viene a conoscenza della difficile situazione dei Mushroom People e parte per una missione per liberare la Mushroom Princess dall'odiato Koopa e ripristinare il regno caduto dei Mushroom People. Sei tu Mario! Tocca a te salvare i Mushroom People dalla magia nera dei Koopa!