Mentre Bub e Bob conducevano una vita pacifica sull'isola di Pao Pao, Chack'n li visita e li avverte che il Tree of Life viene attaccato dai Time Eaters e verrebbe ucciso da loro. All'udire queste parole, Bub parte insieme a un partner selezionato dal giocatore per sconfiggerli e rivelare la persona dietro l'attacco.