Anche se Splinter aveva sconfitto Shredder e Casey Jones aveva tentato di schiacciarlo in un camion della spazzatura, l'elmetto in titanio di Shredder lo aveva protetto da una morte sicura. Si risvegliò su una nave dei rifiuti e tornò a fluttuare verso terra su una zattera fatta di bicchieri di polistirolo non biodegradabili. Una volta a terra iniziò ad addestrare Foot Soldiers più forti, ma da soli non bastavano. Shredder, usando il suo raggio della matrice di traslocazione, poi viaggiò attraverso l'universo in cerca di alleati più forti. Arruolò un membro della Ultimate Galactic Sword che risiedeva nel Sector Six della Oead Star Zone e sul pianeta ghiacciato Traglodoon trovò un cacciatore di taglie di nome Tora. Insieme, Shredder, i suoi scagnozzi e i suoi due nuovi alleati hanno collaborato per rapire April O'Neil. Splinter li ha insegnati bene e ora tocca alle Teenage Mutant Ninja Turtles salvarla!