Nel 1995, la V.S.S.E., un'agenzia internazionale di protezione, aiuta il leader dell'opposizione serciano William McPhearson a progettare un colpo di stato che rovescia un regime autoritario di oltre un secolo. Subito dopo, McPhearson viene eletto primo presidente della repubblica serciana. Tuttavia, Sherudo Garo, l'ultimo sopravvissuto al regime, trama di ripristinare l'ordine vecchio, lanciando una serie di attacchi e assassinii che destabilizzano rapidamente la nazione. Come tocco finale, Sherudo fa rapire e imprigionare la figlia di McPhearson, Rachel, nel castello della sua famiglia su un'isola remota, chiedendo segreti militari vitali in cambio della sua vita. Una disperata McPhearson contatta la V.S.S.E., che a sua volta invia l'agente veterano Richard Miller, il "One Man Army", per infiltrarsi nel castello e salvare Rachel. Miller raggiunge l'isola e fa schiantare la sua barca equipaggiata con esplosivi sull'esterno del castello per creare un ingresso. Sherudo sente l'esplosione, ma il suo responsabile della sicurezza, Wild Dog, gli assicura che Miller non durerà a lungo contro i suoi mercenari altamente addestrati. Nel frattempo, Miller procede verso il cortile principale affrontando una forte resistenza, arrivando infine alla posizione di Rachel. Lei lo avverte di un tranello prima di essere trascinata via. Miller viene poi confrontato dal capo assassino di Dog, Moz, e dalla sua unità. Li sconfigge e interroga Moz, che rivela che il vero nascondiglio si trova nella torre dell'orologio. Lì, Miller viene attaccato da Sherudo, un lanciatore di coltelli addestrato, e lo mette a terra, solo per trovare Rachel tenuta a pistola da Dog. In preda alla rabbia per la morte di Sherudo (dato che ciò significa che non verrà pagato), Dog rivela le sue intenzioni di far saltare in aria il castello con Richard all'interno ed evadere con Rachel. Inseguirli fino all'eliporto del castello, Miller arriva proprio quando Rachel riesce a liberarsi, costringendo Dog a spararle. Una Miller furioso affronta Dog in una rapida sparatoria sul tetto, durante la quale Dog aziona accidentalmente il detonatore, morendo in una terribile esplosione. Richard raccoglie la Rachel ferita e fugge sull'elicottero di Sherudo proprio mentre il resto del castello va in fiamme. Nella versione PS1, i giocatori possono sbloccare anche una missione speciale nota come la "Kantaris Deal", che si svolge alcune settimane dopo gli eventi della storia principale. Miller viene avvisato dalla V.S.S.E. della presenza di una fabbrica illegale di armi in un hotel serciano legato all'organizzazione di Wild Dog. Viene incaricato di infiltrarsi nella fabbrica ed eliminare il proprietario, Kantaris. Dopo aver liberato la hall, Miller ha tre percorsi differenti verso l'obiettivo. Il primo lo conduce attraverso la sala da ballo/casino, dove elimina l'assassino con la mano falce di Kantaris, Spider. La insegue poi fino alla piscina proprio mentre cerca di fuggire per via aerea. Dopo aver abbattuto un elicottero di scorta, Miller danneggia i motori della nave di Kantaris proprio mentre decolla, facendola schiantare ed esplodere. Il secondo percorso, accessibile solo se restano meno di 22 secondi sul cronometro, passa invece per il centro commerciale e scende in un impianto di smaltimento dei rifiuti. Lì, Miller usa un braccio-artiglio per forare un muro, permettendogli di accedere alla fabbrica sotterranea di armi. Da lì si dirige verso l'ufficio di Kantaris nel Lounge e sconfigge il suo droid di sicurezza personale, che poi si guasta e rotola fuori dalla finestra, trascinando Kantaris con sé. Il terzo percorso può essere reso disponibile se Richard non attiva in tempo l'artiglio. Invece di entrare nella fabbrica, attraversa il parcheggio. Dopo aver sconfitto un carro armato a zampe di ragno, Miller disabilita l'auto di Kantaris, costringendola a schiantarsi. Se in uno di questi scenari Miller non agisce in tempo, Kantaris sfugge e la missione viene abortita. (Canonicalmente, il gioco spin-off Time Crisis: Project Titan si svolge dopo il fallimento della missione.)