Assumendo il ruolo di un pilota rookie scelto dalla United States Air Force dalla Flight Command squadron, il giocatore prende il controllo del prototipo di caccia omonimo in un tentativo disperato del The Pentagon di penetrare in numerosi territori nemici e di aiutare gli alleati al fine di vincere la guerra contro i nemici. Concepito come una commissione per creare un gioco di volo da combattimento pseudo-3D da Landrum e dall'artista grafico Arthur Koch, Blue Lightning è stato fortemente ispirato dall'arcade game After Burner di Sega del 1987, appartenente alla linea Super Scaler, oltre a presentare somiglianze con il film e la serie TV Blue Thunder.