Il pod di salvataggio di Roger Wilco dalla fine di Space Quest II fluttua nello spazio finché non viene raccolto da una nave cargo automatizzata per i rifiuti. Trovando una navicella derelitta tra i rifiuti della nave cargo, Roger parte per riparare l'Aluminum Mallard e lasciare la chiatta. Roger visita una varietà di luoghi, tra cui una catena di fast food chiamata Monolith Burger e un pianeta desertico chiamato Phleebhut. In quest'ultimo incontra guai, poiché Arnoid the Annihilator (un terminator android simile ad Arnold Schwarzenegger) lo insegue per non aver pagato un fischietto in Space Quest II (un errore di continuità, dato che l'ordine per il fischietto dichiarava chiaramente che era gratis). Da queste informazioni raccolte lì e al Monolith Burger, Roger scopre infine le attività sinistre di una compagnia di videogiochi nota come ScumSoft, gestita dai "Pirates of Pestulon". Pestulon, una piccola luna del pianeta vulcanico Ortega, è coperta da vegetazione morbida simile al muschio e disseminata di strutture simili ad alberi contorti ovunque. Elmo Pug, il CEO di ScumSoft, ha rapito i Two Guys from Andromeda e li sta costringendo a progettare brutti giochi. Roger riesce a insinuarsi nell'edificio di ScumSoft, apparentemente impenetrabile, e a salvare i due programmatori. Viene scoperto e deve affrontare Pug in un gioco che combina combattimenti in stile Mecha giganti con Rock 'Em Sock 'Em Robots. Dopo aver vinto, Roger e i Two Guys fuggono. Nella conclusione del gioco, Roger consegna i due progettisti di giochi al presidente di Sierra On-Line, Ken Williams, sulla Terra.