Il presidente latveriano Dr. Doom è un nemico terribile, quindi quando mette a punto un piano per far esplodere New York City con una bomba atomica rubata, un solo supereroe Marvel non basta a fermarlo. Come spiega il fumetto riccamente illustrato incluso nel gioco, Spider-Man e Captain America devono unire le forze per andare in Latveria e sabotare i suoi piani. L’azione principale del gioco è un beat 'em up a scorrimento laterale, in cui controlli alternativamente i due personaggi. Hanno ognuno le proprie mosse per affrontare The Rhino, Electro e altri nemici. Le mosse sono sensibili al contesto, in base alla distanza tra il tuo personaggio e l’avversario. Le barre dell’energia diminuiscono man mano che ricevi colpi. Dopo ogni sessione, visualizzi sequenze a fumetto come ricompensa e per creare l’atmosfera della storia in evoluzione.