Stryker's Run è un gioco d'azione in 2D a scorrimento laterale. Il gioco è ambientato durante una guerra futuristica. Il giocatore interpreta il ruolo di Commander John Stryker of the Allied Nations, che ha ottenuto i piani di un attacco da parte dei Volgans nemici. L'obiettivo del gioco è fuggire con i piani e raggiungere la sede delle Allied Nations. Stryker è armato di una pistola laser e granate. Può anche prendere il controllo di velivoli che possono essere usati finché il carburante dura. I Volgans dispongono di una vasta gamma di armi, tra cui fucili, pistole, granate, mitragliatrici, mortai, mine, elicotteri d'attacco, lanciatori di razzi e missili SAM. Oltre ai nemici, il gioco presenta soldati alleati che spareranno ai nemici, ma possono rimanere coinvolti nel fuoco incrociato. Il gioco si svolge interamente su un unico livello in un paesaggio a scorrimento.