Il gameplay di Jr. Pac-Man è simile a quello dei suoi predecessori: il giocatore controlla l'omonimo Jr. Pac-Man e guadagna punti mangiando tutti i puntini nel labirinto. Quattro fantasmi vagano nel labirinto e cercano di catturarlo. Il giocatore può mangiare un energizer per trasformare i fantasmi in blu, rendendoli vulnerabili per un breve periodo e permettendo al giocatore di mangiarli, riportando i loro occhi alla base. Quando tutti i puntini sono eliminati, viene presentato un nuovo labirinto e il gameplay riprende.