La trama ricorda alcuni film e romanzi della serie di James Bond e si svolge negli Stati Uniti in un periodo di tempo non specificato descritto nel gioco come "199X". Durante la sequenza introduttiva, il presidente e sua moglie salutano la folla accanto a una limousine al White House a Washington D.C., quando terroristi (alcuni volano usando jet-pack) si avvicinano al presidente e alla first lady, armati e pericolosi, e, non appena lo schermo diventa rosso e si odono gli spari, sembrano sparare non solo alla folla, ma anche al presidente e alla first lady, che entrambi sono presumibilmente morti. Più tardi, un agente segreto che lavora per il servizio segreto americano, noto solo con il nome di Sly, viene informato che i terroristi che hanno colpito la cerimonia presidenziale sono stati localizzati, identificati e confermati come membri della CWD (Council for World Domination). La CWD è un'organizzazione criminale segreta sotterranea con fondazioni terroristiche, coinvolta nel traffico di droga e di armi e nella corruzione governativa, e in ultima analisi pianifica la conquista del mondo. Sly è affidato dal servizio segreto l'incarico di eliminare la CWD. Ascoltando l'appello disperato del mondo per la libertà e sperando di proteggere coloro che ama di più, Sly salta da un aereo verso Washington D.C., e inizia la sua campagna per impedire ai terroristi di infiltrarsi non solo nella città, ma anche in diversi punti degli Stati Uniti, e deve anche impedire che un missile nucleare venga lanciato e colpisca la Terra.