Le Tartarughe Ninja (Leonardo, Raphael, Michelangelo e Donatello) sono in missione per recuperare Life Transformer Gun da Shredder, un dispositivo che potrebbe riportare il loro sensei Splinter alla sua forma umana. Il primo obiettivo delle Tartarughe è salvare la loro amica reporter April O'Neil, che è tenuta prigioniera da Bebop e Rocksteady da qualche parte in città. Dopo aver salvato April, le tartarughe devono nuotare sott'acqua per disarmare una serie di bombe messe per distruggere una diga, salvare Splinter dal Mecha Turtle, distruggere un gigantesco Mouser, trovare il Technodrome e, alla fine, sconfiggere Shredder.