Il gioco è ambientato in un mondo fantasy basato su Aesop's "The Tortoise and the Hare", in cui l'inimicizia tra tartarughe e lepri persiste anche dopo tre millenni. Una tartaruga malvagia e geniale di nome Devan Shell inizia a conquistare pianeti, sopprimendo qualsiasi conflitto locale. Uno di tali pianeti, Carrotus, ospita un regno di lepri pacifiche che, una volta affrontate da Shell, offrono una resistenza sufficiente per respingerlo. Furioso per la sua sconfitta, Devan decide di rapire la principessa Eva Earlong di Carrotus e di nasconderla in una remota base aerea di ubicazione sconosciuta da usare come riscatto. In risposta, il re decide di inviare l'eroe di Carrotus, Jazz Jackrabbit, una lepre verde con una pistola LFG-2000 blu, verso i vari pianeti conquistati da Devan che potrebbero contenere indizi sulla posizione della sua detenzione. Man mano che Jazz viaggia attraverso mondi diversi, ottiene nuove armi e incontra nuovi nemici nella sua missione di salvare la principessa e salvare Carrotus da Devan Shell e dal suo esercito di Turtle Terrorists. Jazz riesce a trovare la base aerea segreta ma Devan fugge con Eva. Più tardi Jazz trova la macchina del clonaggio di Devan. Alla fine Jazz ferma due navi da battaglia inviate da Devan per attaccare Carrotus e scopre la posizione della principessa, ma Devan fugge.