Un astronauta umano viene inviato dalla OESI (l'Organizzazione dell'Intelligenza Speciale della Terra) in una missione di esplorazione, ma la sua nave resta arenata in orbita poco dopo il lancio, a causa di un motore malfunzionante. Il protagonista viene salvato da Granger Tinker Brin O'Keef, membro della Alliance galattica, che combatte contro una razza meccanizzata altamente avanzata nota come i Korok, determinata a distruggere tutta la vita nella galassia. Il protagonista decide quindi di unirsi all'Alliance e aiutarli nella loro battaglia contro i Korok.