Il gioco si svolge undici giorni dopo gli eventi del primo gioco. Durante questo periodo, il Principe fu acclamato come un eroe che aveva sconfitto il malvagio Jaffar. Rifiuta tutte le ricchezze e chiede invece la mano della Principessa in matrimonio come sua ricompensa, al che il Sultano della Persia acconsente a malincuore. Il gioco inizia quando il Principe entra nelle corti reali del palazzo. Prima di entrare, il suo aspetto cambia in quello di un mendicante. Nessuno lo riconosce, e quando cerca di parlare con la Principessa, un uomo che condivide il suo aspetto (Jaffar, che è magicamente mascherato) emerge dall'ombra, ordinandogli di essere scacciato. Con le guardie che lo inseguono, il Principe salta attraverso una finestra e fugge dalla città a bordo di una nave. Addormentandosi sulla nave, il Principe sogna una donna misteriosa che gli chiede di venire da lei. A quel punto, la nave viene colpita da un fulmine, scagliato da Jaffar. Quando il Principe riprende conoscenza, si ritrova sulla riva di un'isola straniera. Si imbatte in una grotta piena di scheletri umani rianimati che lo combattono. Alla fine riesce a fuggire su un tappeto magico. Nel frattempo, in Persia, Jaffar prende il trono travestito da Principe. La Principessa cade malata sotto l'incantesimo di morte lenta di Jaffar. Il tappeto magico porta il Principe tra le rovine di una vecchia città riempita di spettri urlanti, serpenti e trappole. Arrivando in ciò che sembra essere stata una sala del trono, il Principe perde conoscenza e la donna misteriosa, rivelata essere sua madre, riappare. Lei spiega che il Principe è di stirpe reale e l'unico sopravvissuto al massacro delle "armate delle tenebre". Lo implora di vendicare i caduti. Il Principe cavalca un cavallo magico verso un tempio rosso, abitato da monaci guerrieri che indossano copricapi a forma di uccello. Là scopre che l'ombra, creata negli eventi del gioco originale, può ora lasciare il suo corpo a suo volere. Brandisce la sua ombra per ottenere la fiamma magica del tempio, a quel punto i guerrieri uccello si inginocchiano davanti a lui. Torna in Persia sul cavallo magico e affronta Jaffar. Con l'ombra e la fiamma, il Principe brucia Jaffar, uccidendolo definitivamente. Con l'incantesimo di Jaffar spezzato, la Principessa si risveglia. Il Principe ordina che le ceneri del vecchio Vizir vengano disperse. Il gioco finisce con un cliffhanger quando una vecchia strega viene mostrata mentre osserva la coppia felice attraverso una sfera di cristallo. Secondo Jordan Mechner la trama della vecchia strega e delle "armate delle tenebre" sarebbero dovute essere risolte in un seguito, che non è mai arrivato.