Ripper è ambientato a New York City nel 2040. Si apre con l'indagine sull'omicidio recente di Renee Stein, la terza vittima di un serial killer noto come "The Ripper", in gran parte a causa della somiglianza del modus operandi con Jack the Ripper. Il giocatore assume il ruolo di Jake Quinlan, un cronista del Virtual Herald, al quale The Ripper invia messaggi che descrivono i suoi omicidi (un atto attribuito a Jack the Ripper, sebbene non sia stato provato che le lettere provengano da lui). Insieme alla polizia (la cui indagine è guidata dal detective Vincent Magnotta), Quinlan cerca la vera identità di The Ripper. Dopo aver indagato sull'omicidio di Renee Stein, Quinlan riceve un messaggio da The Ripper, che avverte Quinlan che la sua fidanzata, Catherine Powell, sarà la prossima vittima, poiché si è avvicinata troppo a scoprire la sua identità. Quinlan riesce a trovare Powell ancora viva, ma in coma "più profondo di quanto chiunque pensasse possibile." La Cybersurgeon Claire Burton presso il Meta-Cognition Center del Tribeca Center Hospital riesce a recuperare un'immagine distorta dell'attaccante di Powell, ma richiede ulteriori informazioni da Quinlan per chiarirla. (Questo è anche un riferimento a Jack the Ripper, poiché la polizia ipotizzava che si potesse ottenere un'immagine dell'assassino dalle retine delle vittime.) Egli fornisce questo attraverso l'indagine su ciò a cui Powell stava lavorando nelle sue indagini e si concentra su tre sospetti possibili per gli omicidi di The Ripper. Per trasmettere direttamente queste informazioni nel cervello di Powell, si avvale dell'aiuto di Joey Falconetti, un hacker specializzato nell'interfacciarsi direttamente con il cervello umano. L'indagine di Quinlan lo porta a scoprire che tutte le vittime di The Ripper e tutti coloro associati all'indagine su The Ripper (eccetto Quinlan stesso) erano coinvolti in un vecchio gruppo di giocatori noto come Web Runners, che giocarono a un gioco basato sul mistero di Jack the Ripper. L'ultima sessione di questo gioco in qualche modo fece morire uno dei giocatori nella vita reale. Il giocatore che morì era la madre di Catherine Powell. L'assistenza di un patologista di nome Vic Farley rivela che gli omicidi di The Ripper erano stati eseguiti inserendo un codice nel cervello di una vittima mentre si trovava nel cyberspazio, che faceva aumentare la pressione interna del corpo fino a raggiungere un punto di esplosione, cosa che Farley sperimenta immediatamente dopo aver fornito la sua spiegazione. Quinlan trova anche un'arma nello cyberspazio sviluppata da un cyberarchitetto assassinato di nome Hamilton Wofford, progettata specificamente per uccidere The Ripper all'interno di una ricreazione virtuale del storico quartiere Whitechapel di Londra, dove si svolsero gli omicidi di Jack the Ripper. Dopo aver assemblato l'arma e aver ottenuto la protezione necessaria dall'arma di The Ripper, Quinlan entra nello cyberspazio, uccide The Ripper e riesce a sfuggire al Whitechapel virtuale in tempo per sfuggire alla sua distruzione. The Ripper può essere uno dei quattro possibili sospettati: Joey Falconetti, Claire Burton, Vincent Magnotta o Catherine Powell. Con ogni giocata, alcuni indizi e l'effettiva identità di The Ripper variano, anche se la maggior parte della storia resta invariata, e indizi che indicano la colpevolezza di tutti e quattro i sospettati appariranno indipendentemente da chi sia l'assassino. Per esempio, Catherine Powell registra improvvisi e misteriosi impulsi nell'attività delle onde cerebrali che coincidenza con tutti gli omicidi di The Ripper indipendentemente dal fatto che lei sia davvero The Ripper, e non viene fornita alcuna spiegazione alternativa per questi impulsi. Tuttavia, i cambiamenti nella storia e negli enigmi del gioco sono limitati al terzo atto, dopo la morte di Farley.