Dopo essersi spostato avanti e indietro nel tempo nel gioco precedente, Roger Wilco è di ritorno alla Starfleet Acadamy, servendo sia come cadetto sia come custode. Barando il Starfleet Aptitude Test, Roger ottiene finalmente il grado di capitano, la sua nave (una chiatta della spazzatura) e una missione: esplorare strani nuovi mondi (che nessun uomo sano di mente esplorerebbe), cercare nuove forme di vita e nuove civiltà (che nasceranno da enormi quantità di rifiuti che Roger raccoglierà lungo il suo percorso), e andare audacemente dove nessun uomo è mai giunto prima. Passo dopo passo Roger dovrà svelare uno schema di sversamento di materiale biologico pericoloso su scala galattica, risolvere il mistero della scomparsa di un capitano della Starfleet e della sua nave, e affrontare un agente di un vecchio arcinemico.