Il gioco è basato principalmente sulla continuità dei fumetti Mirage originali (la scena di apertura utilizza addirittura alcune battute dal primo numero riguardo alla battaglia delle Tartarughe contro i Draghi Viola e Splinter che racconta alle Tartarughe la loro origine). Il gioco presenta anche personaggi ed elementi dalla serie animata degli anni ’80 (bandane di colori diversi, braccialetti e ginocchiere, Baxter Stockman che appare come caucasico biondo, Bebop e Rocksteady inclusi come boss, il gusto delle Tartarughe per la pizza e April O’Neil, una giornalista che indossa una tuta gialla) e dalla saga cinematografica (una delle prime parole pronunciate da una Tartaruga è «pizza», proprio come nel primo film; a differenza di come appare Splinter nei fumetti Mirage, il design di Splinter, l’inclusione di Tatsu come boss, April O’Neil che ricorda Paige Turco, che interpretò la sua controparte cinematografica in Teenage Mutant Ninja Turtles II: The Secret of the Ooze e Teenage Mutant Ninja Turtles III, e il salvataggio di April da parte delle Tartarughe da un gruppo di soldati della Foot Clan è simile a una scena del primo film). Nonostante sia basato sulla versione Mirage originale dei fumetti, il gioco è comunque orientato ai bambini (ad esempio Shredder viene consegnato al NYPD nel finale invece di essere ucciso).