Dopo aver combattuto con successo le forze malvagie che cercano di conquistare Krynn, il male supremo in persona desidera prendere in mano la lotta. Ancora una volta, è il momento di difendere la terra! Come nelle avventure precedenti, devi costituire il tuo gruppo di avventurieri, oppure importarlo dal gioco precedente. Il gameplay in Dark Queen of Krynn rimane simile ai primi due giochi, sebbene gli avversari diventino più ostici. La differenza più grande sta nella grafica.