Una lunga era di pace è trascorsa in Britannia, senza grandi minacce che turbassero la vita della gente. Eppure, qualcosa non va nel paese. La magia sembra morire, con i maghi che diventano pazzi. La gente è infelice e si sente spiritualmente vuota e tradita nella vita. Una nuova setta chiamata "The Fellowship" espande i propri membri tra le classi inferiori e accresce l'influenza attraverso i loro membri prominenti che salgono a posizioni di leadership nella società. Il giocatore è di nuovo l'Avatar. Una sera, un volto demoniaco, rosso, appare sullo schermo del computer dell'Avatar sulla Terra, e dichiara il suo imminente dominio su Britannia. Allarmato, l'Avatar consulta il cerchio di pietre e scopre che è già in attesa un moongate per inviare l'eroe a Trinsic. All'arrivo, si scopre che è avvenuto un brutale omicidio. Indagando, l'Avatar apprende di simili omicidi del passato e incontra direttamente ulteriori tali uccisioni durante i suoi viaggi. Il gruppo The Fellowship diventa progressivamente sempre più sospettoso — in particolare il loro leader, Batlin. Inoltre, una voce misteriosa appare periodicamente per fornire all'Avatar indicazioni dubbie. Infine, dopo molti pericoli, l'Avatar si riunisce con il Time Lord, che rivela la vera natura degli eventi recenti: The Fellowship è la marionetta dell'essere dal volto rosso, il Guardian. Il Guardian ha messo in moto un piano per entrare in Britannia attraverso un Black Moongate e usa tre Generatori di Blackrock per diffondere la sua influenza prima del suo arrivo. L'Avatar distrugge i Generatori, poi si affretta sull'Isola dell'Avatar per intercettare il completamento del Black Gate. In una feroce battaglia con Batlin e gli elusivi assassini, questi ultimi vengono portati in giustizia mentre il primo sfugge tramite teletrasporto. Proprio prima che il Guardian possa attraversare, l'Avatar distrugge la Porta. Britannia è salvata al costo che l'Avatar rimanga bloccato nel regno con la minaccia cupa di ulteriori tumulti e distruzioni lasciata dal Guardian. Così inizia l'Età dell'Armageddon, che prosegue in Ultima Underworld II e Ultima VII, Parte Due: Serpent Isle.