La Prima Guerra portò la caduta di Azeroth, a seguito della campagna degli Orchi in Warcraft: Orcs & Humans. I sopravvissuti di Azeroth sono fuggiti per mare nel regno umano di Lordaeron, e gli Orchi hanno deciso di conquistare Lordaeron, in quella che è nota come la Seconda Guerra. Entrambe le parti hanno acquisito alleati e nuove capacità, inclusi unità navali e aeree, e incantatori ancora più potenti. Nella Seconda Guerra, gli Orchi hanno inizialmente successo, ma gli Umani e i loro alleati prendono l'iniziativa, in parte grazie a una ribellione degli Orchi guidata dal stregone Gul'dan, che mira a far emergere la Tomba sommersa di Sargeras. Alla fine, le forze dell'Alleanza costringono l'Orda verso Blackrock Spire, ma Anduin Lothar, comandante dell'Alleanza, viene ucciso lì. Nella battaglia finale intorno al Portale Oscuro di Azeroth, l'Alleanza stermina un clan di Orchi e cattura il comandante supremo degli Orchi e i resti delle sue forze. Sperando di evitare ulteriori invasioni, l'Alleanza distrugge il Portale Oscuro.