Il gioco si svolge nei cieli fittizi noti come Arcadia, dove sei civiltà coesistono su continenti fluttuanti orbitanti da sei lune di colori differenti. Migliaia di anni prima dell'epoca attuale del gioco, le civiltà, una per ogni luna, raggiunsero un livello tecnologico tale da creare ciascuna un Gigas, un'enorme arma vivente di distruzione di massa, controllata da un Moon Crystal. Usando il Gigas, le civiltà si fronteggiarono tra loro, minacciando l'estinzione dell'umanità. La Silver Civilization, la civiltà più avanzata, usò i loro Gigas per evocare le Rains of Destruction, che trascinavano meteoriti dalle lune in orbita e li scaricavano sulla superficie del pianeta. La distruzione catastrofica fermò la furia dei Gigas, e quasi distrusse le altre cinque civiltà, ponendo fine alla guerra. Fu posto un sigillo sul Silver Gigas per impedirne l'ulteriore utilizzo, e i Moon Crystals furono nascosti, mentre ogni civiltà lavorava per ricostruirsi. Vyse e Aika sono membri dei Blue Rogues, una fazione di pirati dell'aria dall'animo Robin Hood riuniti per resistere all'Impero Valuan, militante e tirannico. Guidata dall'Imperatrice Teodora, l'impero cerca i Moon Crystals per riattivare il Gigas e prendere il controllo del mondo. Teodara dirige la Valuan Armada, una flotta di navi da guerra guidata dagli ammiragli Galcian e Ramirez, per trovarli. Quando la Silver Civilization viene a conoscenza di questo piano, inviano Fina per trovare per prima i Moon Crystals. Lei viene catturata dall'Armada, ma salvata da Vyse e Aika, che, avendo nemici comuni, accettano di aiutarla nella missione.