Doctor Robotnik cerca un nuovo modo per sconfiggere il suo lungo nemico Sonic e conquistare il mondo. Durante le sue ricerche scopre un'entità chiamata Chaos, una creatura che contribuì a proteggere i Chao e l'onnipotente Master Emerald migliaia di anni fa. Quando una tribù di echidne cercò di impossessarsi del potere degli Smeraldi, spezzando l'armonia che avevano con i Chao, Chaos rispose usando il potere degli Smeraldi per trasformarsi in una mostruosa bestia, Perfect Chaos, e annientarli. Prima che potesse distruggere il mondo, Tikal, una giovane echidna che aveva stretto amicizia con Chaos, lo imprigionò nel Master Emerald insieme a sé stessa. Eggman libera Chaos e Sonic e i suoi amici devono agire contro i piani di Eggman e impedire al mostro di diventare più potente.